В 2005 года он был приговорен к двум годам лишения свободы в колонии-поселении. Его обвинили в нарушении санитарно-эпидемиологических правил (ст. 236 УК РФ) и халатности (ст. 293 УК РФ).
В январе 2004 года в Краснотурьинском роддоме, которым тогда руководил Салахов, погибли шесть новорожденных. Причиной смерти стала внутрибольничная инфекция. Кроме Салахова, были осуждены еще два врача.
Врачи роддома посчитали, что суд принял несправедливое решение в отношении их коллег. После оглашения приговора, все сотрудники больницы решили подать заявления об увольнении в знак протеста.
В 2019 году, когда Салахов работал в Серовской городской больнице, он вновь оказался на скамье подсудимых. Тогда он был признан виновным в причинении смерти по неосторожности вследствие ненадлежащего исполнения лицом своих профессиональных обязанностей (ч. 2 ст. 109 УК РФ).
СМИ уточняют, что в октябре 2017 года он провел пациентке плановую операцию, в ходе которой повредил внутренний орган, однако повреждения не заметил. Через три дня после операции пациентка скончалась, находясь в реанимационном отделении. Салахов вину не признал и утверждал, что смерть женщины наступила не из-за его действий.
Врачу назначили наказание в виде ограничения свободы сроком в один год. На это решение была подана апелляционная жалоба. Облсуд изменил приговор в отношении Салахова: он был освобожден от уголовного наказания за истечением срока давности.