По версии следствия, Владимир Краснов, находясь в должности директора, похитил имущество института — мебель, медицинские кушетки и другое. Общая сумма ущерба составила 1,6 млн рублей. Подсудимый тогда вину признал и возместил сумму в полном объёме.
А с 2011 по 2019 годы экс-руководитель при проведении госзакупок незаконно заключил неконкурентное соглашение с коммерческой компанией на поставку товаров и изделий медицинского назначения по завышенным ценам. Доход от преступной деятельности составил 124 млн рублей.
С исковым заявлением к Краснову обратился Новосибирский НИИ туберкулеза. Суд удовлетворил иск и взыскал с экс-директора 12,7 млн рублей, в том числе расходы на проведение экспертизы.