ФМБА было создано в 2004 году на базе Федерального управления «Медбиоэкстрем», с января 2020 года им руководит Вероника Скворцова.
В задачи агентства входит оказание государственных услуг и управление государственным имуществом в сфере здравоохранения (включая оказание медицинской помощи), организация деятельности службы крови, контроль за обеспечением безопасности донорской крови и ее компонентов и т.д.